Tiêu Trưởng Mậu sinh năm 458, khi đó cha Tiêu Trách mới 18 tuổi, và do là cháu đích tôn của Tiêu Đạo Thành, người khi đó đang là một tướng của Lưu Tống, ông nội đã rất yêu quý Trường Mậu. Mẹ của ông là Bùi Huệ Chiêu (裴惠昭), chính thất của Tiêu Trách. Năm 477, sau khi Tiêu Đạo Thành đoạt lấy quyền lực khi ám sát Lưu Tống Hậu Phế Đế, và lập em trai của Hậu Phế Đế là Lưu Chuẩn làm hoàng đế (tức Thuận Đế), Tướng Thẩm Du Chi (沈攸之) đã nổi dậy chống lại Tiêu Đạo Thành từ Kinh Châu (荊州, nay là trung bộ và tây bộ Hồ Bắc), và Tiêu Trách được giao trấn thủ Bồn Khẩu (湓口, nay thuộc Cửu Giang, Giang Tây) để chuẩn bị chống lại một cuộc tấn công cuối cùng có thể xảy ra của quân Thẩm, Tiêu Trưởng Mậu đã giúp đỡ cha trong việc duyệt binh. Sau khi Thẩm Du Chi bị đánh bại, Tiêu Trường Mậu ban đầu đã trở về kinh thành Kiến Khang để phụng sự cho ông nội, song sau đó được phong làm thứ sử Ung Châu (雍州, nay thuộc tây nam bộ Hà Nam và tây bắc bộ Hồ Bắc).